سازمان غذا و دارو مقابل بسیاری از این نوع اپلیکیشنها ایستادگی کرد. به عنوان مثال آنها در برابر اپلیکیشنهای داروخانه آنلاین اعتقاد داشتند تهیه دارو بدون حضور مسئول فنی داروخانه معلوم نیست چه تبعاتی داشته باشد. مخالفت وزارت بهداشت با استارتاپهایی که در حوزه دارو کارشان را شروع کرده بودند فقط شامل اسنپ دکتر نمیشد. سازمان غذا و دارو میگوید که به هیچ کدامشان تا امروز مجوز این کار را نداده است. به همین خاطر هم اپلیکیشنهای دارویی سال 99، سال خوبی نداشتند. نه فقط ارسال دارو، بلکه وزارت بهداشت سر ناسازگاری با همه اپلیکیشنهای سلامت داشت. برای مثال تیرماه اعلام کردند که فعالیت همه اپلیکیشنهای تست کرونا در منزل ممنوع است. البته وزارت بهداشت حمایت تمام قدی از اپلیکیشن ماسک داشت. ماسک سال 99 تبدیل به مرجعی برای تعیین وضعی رنگ بندی کرونایی شهرها بود و دولت و نمایندههای آن بارها در سخنرانیهایشان بر نصب این اپلیکیشن تاکید کردند.